こんにちは、製薬企業で研究職として働くMasuです。
TargetMineは創薬支援を行うウェブツールです。誰でも無料で利用することができます。
30以上の公共データベースを利用し、疾患関連遺伝子や相互作用、上流の転写因子などを効率的に調べることができます。
Start using TargetMineをクリックし、キーワード検索に入ります。
以下のような画面に入ると思います。
キーワード検索では、遺伝子名やパスウェイ、医薬品などをキーワードとして調べることができます。早速調べてみましょう。
ここでは、STAT1について調べてみます。候補が多いため、categoriesを選択して絞る必要があります。ここでは、humanのSTAT1のGeneについて検索してみましょう。
このような検索結果が示されます。ここでは、STAT1に関連する疾患を調べたいので、下にスクロールするか、赤枠で囲ったDiseaseボタンを押しましょう。
試しに、GWAS catalogのbirth weightをクリックしてみます。ちなみにGWASはゲノムワイド関連解析のことで、ゲノム全体をほぼカバーするような、50万個以上の一塩基多型の遺伝子型を決定し、その頻度と、疾患や量的形質との関連を統計的に調べる方法論のことです。
参考：脳科学辞典
詳細な内容や論文情報まで出てきました。これは色々と使えそうです。
また、なんとこれらの情報はpython、perl, Java, Ruby, Javascriptなどでアクセスできるのですが、そのコードを自動生成してくれる機能があります。Show all in a tableをクリックしてください。
赤枠のボタンをクリックするとpythonコードが表示されます。その他の言語は▼で選択可能です。
今回はデータが一つしかデータがないですが、大量のリストが表示されるものに関しては非常に有用ですね。
今後新規のテーマを持った時、まずはTargetMineを使ってターゲットの遺伝子・タンパクを調べてみたいと思います。
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